新しいデータベースサーバ上に MySQL データベースを作って、既存のテーブルをインポート／エクスポート (バックアップ／リストア)。マニュアルを調べて mysqldump 使用。

バックアップ：
% mysqldump -h hostname -u username -p dbname > backup.sql
リストア：
% mysql -h hostname -u username -p dbname < backup.sql

使うコマンドが異なるので注意。きちんとインデックスも再現されてるし、他に何も必要なさそう。これで MySQL 5.5 への移行完了。